১৯৯৩ সাল পর্যন্ত শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের উপজেলা পর্যায়ে কোন অফিস ছিল না। কিন্তু মাধ্যমিক শিক্ষার গুনগতমান উন্নয়ন, একাডেমিক সুপারভিশন, প্রশাসনিক ও আর্থিক স্বচ্ছতা নিশ্চিত করার জন্য উপজেলা পর্যায়ে অফিস স্থাপনের প্রয়োজনীয়তা দেখা দেয়। সে কারনে শিক্ষামন্ত্রণালয় ১৯৯৩সালে ৪ টি প্রকল্পের মাধ্যমে জাতীয় ভিত্তিক উপবৃত্তি কার্যক্রমের মাধ্যমে প্রথমে উপজেলা প্রকল্প কার্যালয় স্থাপন করে।এই প্রকল্প সমূহের দলিলে প্রভিশন রাখা হয় যে , প্রকল্পের মেয়াদ শেষে জনবল রাজস্ব খাতে স্তানান্তর করে উপজেলা মাধ্যমিক শিক্ষা অফিস স্থাপন করা হবে।সে অনুযায়ী ২০০০ সালে প্রকল্পের মেয়াদ শেষে উপজেলা মাধ্যমিক শিক্ষা অফিস প্রতিষ্ঠা করা হয়।এটি এখন শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের তৃণমূল পর্যায়ের প্রশাসনিক ইউনিট। শিক্ষামন্ত্রণালয়ের আধিনস্ত সকল দপ্তর, অধিদপ্তরের কার্যক্রম মাঠ পর্যায়ের এই অফিসের মাধ্যমে বাস্তবায়ন হয়ে থাকে।বাংলাদেশের সকল উপজেলায় মাধ্যমিক শিক্ষা অফিসের কার্যক্রম চালু আছে। খুলনা- ঢাকা মহাসড়কের খুলনা থেকে ২২ কিঃমিঃ দূরে নওয়াপাড়ার দিকে ফুলতলা উপজেলা পরিষদ । উপজেলা পরিষদের ভিতর সুন্দর ও মনোরম পরিবেশে উপজেলা মাধ্যমিক শিক্ষা অফিসটি অবস্থিত।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস